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Source: 09_ai_workflows/atlas_phase1_completion_instruction_guide_2026-08-18.md open raw

Atlas 1차 구축 완료를 위한 구체 지시문 가이드

작성일: 2026-08-18
대상 Atlas: ~/Documents/Research_Knowledge/ECC_Research_Atlas/

0. 이 문서의 목적

이 문서는 앞으로 Hermes 또는 다른 AI에게 어떻게 지시해야 Atlas 1차 구축을 완료할 수 있는지를 정리한 실행 지시문 모음이다.

현재 Atlas는 이미 다음 단계까지 구축되어 있다.

1차 구축 완료의 목표는 extension을 무한히 추가하는 것이 아니라, 현재 들어온 자료를 기반으로 다음 기능이 작동하는 수준까지 정리하는 것이다.

source-grounded Atlas
  -> reliable claim-evidence matrices
  -> usable concept/material/experiment nodes
  -> global-to-lab positioning
  -> teaching modules
  -> AI/Wiki-RAG workflow templates

1. 전체 우선순위

1.1 지금은 extension을 더 늘리지 않는다

교수님 운영 방침:

다른 extension은 나중에 하나씩 추가한다.
현재는 Atlas 1차 시스템을 안정화한다.

따라서 앞으로의 지시는 다음 순서가 좋다.

1. Lab positioning 고도화
2. Claim-evidence matrix 분류 column 추가
3. Graph / lineage map 정리
4. Teaching module 구축
5. AI / Wiki-RAG workflow 구축
6. Sustainable / green ECC PDF가 들어오면 matching 및 검증
7. 이후 self-healing, structural, AI materials extension 등을 하나씩 추가

2. 작업 지시 전 공통 지시문

앞으로 어떤 작업을 시키든 아래 문장을 포함하면 좋다.

ECC_Research_Atlas의 기존 구조를 유지하고, 새 extension을 임의로 만들지 말고, 현재 source-grounded evidence hierarchy를 따라 작업해줘.
Victor Li book은 primary anchor, foundational papers는 supporting layer, extension papers는 topic-specific extension layer, 교수님 논문은 lab positioning layer로 유지해.
파일을 실제로 작성하고, 마지막에 생성/수정 파일 경로와 검증 결과를 보고해줘.

PDF 원본이 없는 경우:

원본 PDF가 없는 자료는 original_pdf_status = pending_user_pdf로 유지하고, verified_from_pdf라고 새로 승격하지 말아줘. 단, 이미 내가 PDF 검증 완료라고 명시한 extreme ductility batch는 verified_from_pdf 상태를 유지해.

3. 1차 완료를 위한 핵심 작업 목록과 지시문

작업 A. Lab-to-global lineage map 작성

목적

교수님 연구가 global ECC/EGC literature 안에서 어디에 위치하는지 한눈에 보는 지도 작성.

입력 자료

지시문

Atlas 1차 구축 안정화 작업으로, 교수님 연구를 global ECC/EGC lineage 위에 배치하는 `lab_to_global_lineage_map.md`를 작성해줘.

입력 파일:
- `06_lab_position/our_lab_position_map.md`
- `06_lab_position/by_lee_publication_mapping.csv`
- `07_visualization/by_lee_lab_publications_claim_evidence_matrix.csv`
- `07_visualization/by_lee_lab_position_edges.csv`
- `02_concepts/extreme_ductility_ecc.md`
- `04_material_systems/green_ecc.md`

출력 파일:
- `07_visualization/lab_to_global_lineage_map.md`
- `07_visualization/lab_to_global_lineage_edges.csv`

구성:
1. Global anchor: Victor Li micromechanics
2. Foundational mechanism: PSH, bridging, flaw, dispersion
3. Lee lab research axes:
   - cementless / alkali-activated / geopolymer ECC
   - extreme ductility / low-density / flaw-tailored EGC
   - recycled selvage fiber ECC
   - self-healing and crack recovery
   - fiber/interface/micromechanics
   - structural / thermal / impact performance
4. 각 축별 대표 논문 3~7개
5. 각 축별 strategic positioning sentence
6. 향후 논문/제안서에 쓸 수 있는 novelty claim bank

검증:
- 모든 파일 경로가 존재하는지 확인해줘.
- graph edge CSV에 `lab_contributes_to`, `extends`, `applies_to`, `supports` relation을 구분해줘.

작업 B. Lab positioning 개별 카드 작성

목적

our_lab_position_map.md는 총괄 지도이고, 실제 논문·제안서 활용을 위해 연구축별 개별 positioning card가 필요하다.

우선 작성할 파일

06_lab_position/alkali_activated_ultra_ductile_position.md
06_lab_position/recycled_selvage_fiber_position.md
06_lab_position/self_healing_position.md
06_lab_position/low_fiber_egc_position.md
06_lab_position/materials_ai_wikirag_position.md

지시문

교수님 연구 positioning layer를 고도화하기 위해 연구축별 positioning card를 작성해줘.

입력:
- `06_lab_position/our_lab_position_map.md`
- `06_lab_position/by_lee_publication_mapping.csv`
- `07_visualization/by_lee_lab_publications_claim_evidence_matrix.csv`
- 관련 Atlas nodes: `green_ecc`, `geopolymer_ecc`, `extreme_ductility_ecc`, `self_healing_ecc`, `flaw_design`, `fiber_hybridization`

출력:
- `06_lab_position/alkali_activated_ultra_ductile_position.md`
- `06_lab_position/recycled_selvage_fiber_position.md`
- `06_lab_position/self_healing_position.md`
- `06_lab_position/low_fiber_egc_position.md`
- `06_lab_position/materials_ai_wikirag_position.md`

각 파일 구조:
1. Research axis definition
2. Global literature anchor
3. Lee lab representative papers
4. Key evidence and metrics
5. What is distinctive about Lee lab contribution
6. Strategic novelty claims
7. Manuscript intro/discussion reusable paragraphs
8. Proposal background reusable paragraphs
9. Open research opportunities
10. Linked Atlas nodes and source files

주의:
- 교수님 연구를 과장하지 말고, source-grounded하게 작성해.
- 미출판/진행 중 연구는 `draft / manuscript / proposal idea`로 명확히 표시해.

작업 C. Claim-evidence matrix 분류 column 추가

목적

현재 matrix들은 evidence row는 있으나, 연구축별 필터링이 아직 불편하다. 1차 완료를 위해 classification columns가 필요하다.

대상 파일

07_visualization/extreme_ductility_extension_claim_evidence_matrix.csv
07_visualization/sustainable_ecc_extension_claim_evidence_matrix.csv
07_visualization/by_lee_lab_publications_claim_evidence_matrix.csv

추가할 column

mechanism_category
material_system
fiber_type
binder_type
test_method
key_metric
lab_relevance
claim_strength
verification_level
priority_for_synthesis

지시문

Atlas claim-evidence matrices를 1차 구축 완료 수준으로 정리하기 위해 classification columns를 추가해줘.

대상:
- `07_visualization/extreme_ductility_extension_claim_evidence_matrix.csv`
- `07_visualization/sustainable_ecc_extension_claim_evidence_matrix.csv`
- `07_visualization/by_lee_lab_publications_claim_evidence_matrix.csv`

추가 column:
- mechanism_category
- material_system
- fiber_type
- binder_type
- test_method
- key_metric
- lab_relevance
- claim_strength
- verification_level
- priority_for_synthesis

분류 기준:
mechanism_category 예시:
- strain_hardening_criteria
- fiber_bridging
- interface_tailoring
- flaw_design
- fiber_dispersion
- crack_width_control
- self_healing
- sustainability_lca
- structural_application
- thermal_or_impact_performance

material_system 예시:
- PVA-ECC
- PE-ECC
- UHP-ECC
- AAS-ECC
- EGC
- recycled_selvage_ECC
- seawater_sea_sand_ECC
- LC3-ECC
- rubberized_ECC

verification_level:
- verified_from_pdf
- verified_from_full_text
- verified_from_source_note
- pending_user_pdf

출력:
- 원본 CSV를 백업한 뒤 업데이트해줘.
- 분류 요약 파일 `07_visualization/claim_evidence_classification_summary.md`를 작성해줘.

작업 D. Green ECC 총괄 node 정리

목적

sustainable_ecc_extension이 들어왔으므로 green_ecc.md를 synthesis node로 정리해야 한다. 단, 다른 green extension은 나중에 세부 확장한다.

지시문

`04_material_systems/green_ecc.md`를 sustainable / green ECC 총괄 synthesis node로 정리해줘.

입력:
- `04_material_systems/green_ecc.md`
- `02_concepts/sustainability.md`
- `07_visualization/sustainable_ecc_extension_claim_evidence_matrix.csv`
- `00_sources/sustainable_ecc_extension/metadata/sustainable_ecc_extension_source_index.csv`
- `06_lab_position/our_lab_position_map.md`

출력:
- 수정: `04_material_systems/green_ecc.md`
- 생성: `07_visualization/green_ecc_strategy_map.md`

구성:
1. Green ECC definition
2. Victor Li book anchor
3. Strategy families:
   - high-volume fly ash / SCM
   - alkali-activated slag
   - geopolymer EGC
   - recycled fibers / PET / selvage
   - rubberized / lightweight / recycled aggregate
   - seawater sea-sand / marine resources
   - LC3 / low-carbon binders
4. Performance must be preserved: tensile ductility, crack width, durability
5. Lab contribution positioning
6. Evidence highlights
7. Cautions: greenness without PSH is not Green ECC in Atlas sense
8. Next PDF verification tasks

작업 E. Graph 정제

목적

현재 graph edge가 많이 쌓였으나 paper-to-node, concept-to-concept, lab-to-global edge가 섞여 있다. 1차 완료를 위해 분리된 graph view가 필요하다.

지시문

Atlas graph layer를 1차 완료 수준으로 정제해줘.

입력:
- `07_visualization/full_graph_candidate_edges.csv`
- `07_visualization/edge_list_expanded.csv`
- `07_visualization/extreme_ductility_extension_edges.csv`
- `07_visualization/sustainable_ecc_extension_edges.csv`
- `07_visualization/by_lee_lab_position_edges.csv`

출력:
- `07_visualization/graph_paper_to_node_edges.csv`
- `07_visualization/graph_concept_to_concept_edges.csv`
- `07_visualization/graph_lab_to_global_edges.csv`
- `07_visualization/graph_edge_quality_report.md`
- `07_visualization/lab_to_global_lineage_map.md`

작업:
1. relation type 정규화
2. duplicate edge 제거
3. confidence/status 정리
4. paper_id source와 node target 구분
5. lab_contributes_to edge 별도 분리
6. missing target node 확인

검증:
- 모든 target node 파일이 존재하는지 확인해.
- duplicate edge count를 보고해.

4. 08_teaching 구축 지시문

4.1 Teaching layer의 목표

08_teaching은 Atlas를 강의·학생용 자료로 변환하는 layer이다. 1차 구축 완료 시점에는 모든 강의안을 완성할 필요는 없지만, teaching module framework는 만들어야 한다.

현재 존재:

08_teaching/ecc_intro_module_seed.md

4.2 만들어야 할 teaching 구조

08_teaching/
├── lecture_modules/
│   ├── 01_ecc_intro.md
│   ├── 02_micromechanics_and_psh.md
│   ├── 03_fiber_bridging_and_interface.md
│   ├── 04_crack_width_durability_self_healing.md
│   ├── 05_green_ecc_and_sustainability.md
│   ├── 06_extreme_ductility_and_uhp_ecc.md
│   ├── 07_professor_lee_lab_case_studies.md
│   └── 08_ai_assisted_materials_research.md
│
├── student_reading_paths/
│   ├── ecc_beginner_path.md
│   ├── micromechanics_path.md
│   ├── green_ecc_path.md
│   └── research_project_path.md
│
├── concept_explainers/
│   ├── what_is_strain_hardening.md
│   ├── why_crack_width_matters.md
│   ├── fiber_bridging_simple_explanation.md
│   └── green_ecc_explained.md
│
└── teaching_index.md

4.3 Teaching module 작성 지시문

Atlas의 08_teaching layer를 1차 구축해줘.

목표:
ECC/SHCC/EGC Atlas를 강의와 학생 연구지도에 활용할 수 있도록 teaching module framework를 만든다.

입력:
- `index.md`
- `02_concepts/strain_hardening_criteria.md`
- `02_concepts/fiber_bridging_law.md`
- `02_concepts/extreme_ductility_ecc.md`
- `04_material_systems/green_ecc.md`
- `04_material_systems/self_healing_ecc.md`
- `06_lab_position/our_lab_position_map.md`
- `07_visualization/*claim_evidence_matrix.csv`

출력:
- `08_teaching/teaching_index.md`
- `08_teaching/lecture_modules/01_ecc_intro.md`
- `08_teaching/lecture_modules/02_micromechanics_and_psh.md`
- `08_teaching/lecture_modules/03_fiber_bridging_and_interface.md`
- `08_teaching/lecture_modules/04_crack_width_durability_self_healing.md`
- `08_teaching/lecture_modules/05_green_ecc_and_sustainability.md`
- `08_teaching/lecture_modules/06_extreme_ductility_and_uhp_ecc.md`
- `08_teaching/lecture_modules/07_professor_lee_lab_case_studies.md`
- `08_teaching/lecture_modules/08_ai_assisted_materials_research.md`
- `08_teaching/student_reading_paths/ecc_beginner_path.md`
- `08_teaching/student_reading_paths/research_project_path.md`

각 lecture module 구조:
1. Learning objectives
2. Key concepts
3. Minimal theory
4. Source-grounded evidence
5. Representative papers
6. Figures/tables to show later
7. Discussion questions
8. Assignment idea
9. Linked Atlas nodes
10. Suggested reading path

주의:
- 강의자료는 학생용이므로 너무 길게 쓰지 말고, 개념 중심으로 정리해.
- 단, evidence와 source path는 반드시 남겨.
- 교수님 연구 사례는 `07_professor_lee_lab_case_studies.md`에 따로 모아.

4.4 Concept explainer 작성 지시문

08_teaching/concept_explainers 폴더에 학생용 짧은 개념 설명문을 작성해줘.

출력:
- `08_teaching/concept_explainers/what_is_ecc.md`
- `08_teaching/concept_explainers/what_is_strain_hardening.md`
- `08_teaching/concept_explainers/why_crack_width_matters.md`
- `08_teaching/concept_explainers/fiber_bridging_simple_explanation.md`
- `08_teaching/concept_explainers/green_ecc_explained.md`
- `08_teaching/concept_explainers/self_healing_ecc_explained.md`

각 파일 구조:
1. One-sentence answer
2. Intuitive explanation
3. Technical explanation
4. Why it matters
5. Representative evidence
6. Common misunderstanding
7. Linked Atlas nodes

5. 09_ai_workflows 구축 지시문

5.1 AI workflow layer의 목표

09_ai_workflows는 Atlas를 AI/RAG/논문작성/리뷰 대응에 활용하기 위한 procedural layer이다.

현재 이미 존재하는 파일:

1차 완료 시점에 필요한 추가 파일:

09_ai_workflows/wiki_rag_ingestion_plan.md
09_ai_workflows/atlas_query_templates.md
09_ai_workflows/claim_evidence_update_protocol.md
09_ai_workflows/new_extension_ingestion_protocol.md
09_ai_workflows/original_pdf_matching_protocol.md
09_ai_workflows/reviewer_response_workflow.md
09_ai_workflows/proposal_writing_workflow.md
09_ai_workflows/manuscript_positioning_workflow.md
09_ai_workflows/teaching_material_generation_workflow.md

5.2 Wiki-RAG ingestion plan 지시문

Atlas를 Wiki-RAG 또는 LLM 질의응답 시스템으로 활용하기 위한 `wiki_rag_ingestion_plan.md`를 작성해줘.

입력:
- `index.md`
- `07_visualization/*claim_evidence_matrix.csv`
- `02_concepts/*.md`
- `04_material_systems/*.md`
- `05_experiments/*.md`
- `06_lab_position/*.md`

출력:
- `09_ai_workflows/wiki_rag_ingestion_plan.md`

구성:
1. RAG 목적
2. 문서 유형별 chunking strategy
   - source notes
   - paper cards
   - claim-evidence matrix rows
   - concept nodes
   - lab positioning notes
   - teaching modules
3. metadata schema
4. retrieval priority
5. citation format
6. answer grounding rule
7. hallucination prevention rule
8. update cycle
9. example queries and expected source paths

중요 규칙:
- 답변은 반드시 source path 또는 claim-evidence row를 근거로 하도록 설계해.
- 교수님 연구 positioning 질문에는 `06_lab_position`을 우선 검색하도록 설계해.

5.3 Atlas query templates 지시문

Atlas 질의응답용 query template 파일을 만들어줘.

출력:
- `09_ai_workflows/atlas_query_templates.md`

포함할 query 유형:
1. Concept explanation
2. Literature lineage
3. Compare material systems
4. Find evidence for a claim
5. Draft manuscript introduction
6. Draft discussion paragraph
7. Reviewer response support
8. Proposal background
9. Teaching module generation
10. Lab positioning query

각 query template 구조:
- User question pattern
- Retrieval targets
- Required evidence fields
- Response format
- Example answer skeleton

예시 질문:
- PE/UHMWPE fiber가 extreme ductility에 유리한 이유는?
- Lee lab의 cementless EGC 연구는 global literature에서 어디에 위치하는가?
- recycled selvage fiber ECC의 novelty는 무엇인가?
- self-healing ECC에서 fiber bridging과 crack-width control의 역할은?
- low-fiber EGC / EPS flaw design의 전략적 위치는?

5.4 New extension ingestion protocol 지시문

나중에 새로운 extension topic을 하나씩 추가할 때 사용할 protocol을 작성해줘.

출력:
- `09_ai_workflows/new_extension_ingestion_protocol.md`

구성:
1. When to create a new extension folder
2. Required folder structure
3. Required files
4. Source note schema
5. Paper card schema
6. Claim-evidence matrix schema
7. Node supporting-source update protocol
8. Graph edge update protocol
9. Original PDF matching protocol
10. Verification checklist
11. Final report template

기본 folder pattern:
`00_sources/<topic>_extension/`
`03_papers/<topic>_extension/`
`07_visualization/<topic>_extension_claim_evidence_matrix.csv`
`07_visualization/<topic>_extension_edges.csv`

주의:
- 새 extension은 교수님이 명시적으로 요청할 때만 만든다.
- 기존 node에 붙일 수 있으면 새 node를 과도하게 만들지 않는다.

5.5 Original PDF matching protocol 지시문

original PDF matching protocol을 작성해줘.

출력:
- `09_ai_workflows/original_pdf_matching_protocol.md`

구성:
1. User saves PDFs into `00_sources/<extension>/originals/`
2. Match by exact `pdf_filename`
3. Fuzzy match rules
4. SHA-256 registry
5. Duplicate PDF handling
6. source index update
7. missing PDF request list regeneration
8. full text re-extraction policy
9. PDF-based numeric/page verification policy
10. final report template

실제 예시로 다음 source folders를 포함해:
- `extreme_ductility_extension`
- `sustainable_ecc_extension`
- `by_lee_lab_publications`

5.6 Reviewer response workflow 지시문

Atlas를 논문 reviewer response에 활용하는 workflow를 작성해줘.

출력:
- `09_ai_workflows/reviewer_response_workflow.md`

구성:
1. Reviewer comment classification
2. Find relevant Atlas nodes
3. Retrieve claim-evidence rows
4. Select supporting papers
5. Draft response in Original / Response / Revision format
6. Avoid overclaiming
7. Add citations and page evidence
8. Build revision task list

교수님 선호 형식:
- Original
- Suggested / Response
- Rationale
- top-journal editor 관점
- desk-reject 위험을 적극 지적

5.7 Proposal writing workflow 지시문

Atlas를 연구재단/과제 제안서 배경 작성에 활용하는 workflow를 작성해줘.

출력:
- `09_ai_workflows/proposal_writing_workflow.md`

구성:
1. Proposal topic definition
2. Global literature gap extraction
3. Lee lab positioning extraction
4. Claim-evidence support table
5. Research need paragraph template
6. Novelty paragraph template
7. Methodology justification template
8. Risk and mitigation template
9. Expected impact template
10. Citation grounding rule

NRF AI/Wiki-RAG materials proposal과 연결 가능한 항목도 포함해.

5.8 Manuscript positioning workflow 지시문

교수님 논문 작성 시 Atlas 기반으로 introduction/discussion/novelty를 구성하는 workflow를 작성해줘.

출력:
- `09_ai_workflows/manuscript_positioning_workflow.md`

구성:
1. Manuscript topic intake
2. Identify closest Atlas lineage
3. Extract 5–10 key papers
4. Build novelty contrast table
5. Draft introduction logic chain
6. Draft discussion positioning paragraph
7. Prepare limitations and future work
8. Check overclaim risk
9. Citation and evidence checklist

특히 low-fiber EGC, EPS flaw design, recycled selvage fiber, self-healing ECC 사례를 template 예시로 넣어.

6. PDF가 들어왔을 때 지시문

Sustainable / Green ECC PDF matching

sustainable_ecc_extension/originals 폴더에 PDF 저장했어. `missing_original_pdf_request_list.md`와 매칭해서 source index 업데이트하고, original_pdf_status를 갱신해줘. 중복 PDF는 SHA-256으로 확인하고, PDF 기반 수치·페이지 검증은 아직 하지 말고 matching report만 먼저 만들어줘.

검증까지 원할 때:

sustainable_ecc_extension의 original PDF matching이 끝났으니, source notes와 claim-evidence matrix를 PDF 원문 기준으로 수치·페이지 검증해줘. 검증 완료 row에는 numeric_check_status와 page_check_status를 업데이트하고, verification report를 만들어줘.

Lab publication PDF matching

by_lee_lab_publications/originals 폴더에 PDF 저장했어. source index의 pdf_filename과 매칭해서 original_pdf_status를 업데이트하고, missing_original_pdf_request_list를 갱신해줘. 중복과 unmatched PDF도 보고해줘.

7. 1차 구축 완료 기준

다음 조건을 만족하면 Atlas 1차 구축 완료로 볼 수 있다.

Source layer

Evidence layer

Node layer

Graph layer

Teaching layer

AI workflow layer

8. 권장 실행 순서와 짧은 요청 문구

Step 1

lab_to_global_lineage_map.md와 lab_to_global_lineage_edges.csv를 만들어줘.

Step 2

교수님 연구축별 positioning card 5개를 작성해줘.

Step 3

세 개 claim-evidence matrix에 mechanism/material/fiber/binder/test/verification 분류 column을 추가해줘.

Step 4

green_ecc.md를 sustainable ECC 총괄 synthesis node로 재구성하고 green_ecc_strategy_map.md를 만들어줘.

Step 5

graph edge를 paper-to-node, concept-to-concept, lab-to-global로 분리하고 quality report를 작성해줘.

Step 6

08_teaching layer를 1차 구축해줘. teaching_index, lecture modules, reading paths, concept explainers를 만들어줘.

Step 7

09_ai_workflows layer를 1차 구축해줘. Wiki-RAG ingestion plan, query templates, PDF matching protocol, extension ingestion protocol, reviewer/proposal/manuscript workflows를 만들어줘.

9. 가장 추천하는 다음 지시

바로 다음에는 아래처럼 지시하는 것이 가장 효율적이다.

Atlas 1차 구축 완료를 위해 Step 1부터 진행해줘. 우선 `lab_to_global_lineage_map.md`와 `lab_to_global_lineage_edges.csv`를 만들고, 교수님 연구축이 global ECC/EGC lineage에 어떻게 연결되는지 정리해줘. 파일 작성 후 링크 검증 결과를 보고해줘.

그 다음:

이어서 Step 2를 진행해줘. 교수님 연구축별 positioning card 5개를 source-grounded하게 작성해줘.